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Geologisch gesehen gehört der Manhartsberg zur Böhmischen Masse und erreicht mit dem Gaisberg, dem Straßer Hausberg, seinen südöstlichsten Ausläufer. Hier taucht das Kristallin in die Molassezone ein. Mächtige Schotterkegel der „Urdonau“ (z.B. Hohenwarther Platte) sowie riesige eiszeitliche Lössanwehungen lösen einander in bunter Reihenfolge ab. Manche geologische Aufschlüsse bieten dem Wissenschafter tiefe Einblicke in die einstige, reichhaltige Fauna des Tertiärmeeres (Fossiliengrube bei Obernholz), bzw. Flora des Permzeitalters (Braunkohleflöze bei Zöbing). Diese unterschiedlichen Boden- und Untergrundtypen bringen, gepaart mit den Kleinklimazonen, nuancenreiche Weine hervor.
